Funksjonell genomikk
Forskning
Jeg forsker på hvordan genetisk variasjon gir opphav til egenskaper vi kan observere, og hvordan den kunnskapen kan bidra til bærekraft, bedre dyrevelferd og økt motstandskraft mot sykdom. Jeg utvikler metoder med høy gjennomstrømning, blant annet genomvide, samlede (pooled) CRISPR-screener og multiomikk, for å koble genotype til fenotype hos domestiserte dyr som atlantisk laks, gris og storfe. Jeg arbeider også med mikroorganismer, fra å utvikle mikroalger og sopp som produserer omega-3 og andre verdifulle fettsyrer, til å sekvensere det uvanlig store genomet til dinoflagellaten Crypthecodinium cohnii.
01
CRISPR-screening i genomet til domestiserte dyr
En CRISPR-knockout-screen slår ut tusenvis av gener parallelt i en populasjon av celler, og undersøker deretter hvilke knockouts som endrer cellenes egenskaper – om de overlever, vokser eller motstår infeksjon. Metoden har revolusjonert forskning på mennesker og mus, men er nesten ikke tatt i bruk for husdyr og fisk.
Gruppen vår har bygget opp plattformer for genomvid CRISPR-screening i celler fra gris og storfe, blant annet en av de første oversiktene over essensielle gener i genomet til et husdyr. Sammen med metoder for effektiv genoverføring og genredigering i lakseceller danner dette arbeidet grunnlaget for prosjektet PetriFish, som tar genomvid screening i bruk på atlantisk laks.
Relaterte publikasjoner 5
02
Samspill mellom vert og patogen, og sykdomsresistens
Infeksjonssykdommer er blant de største utfordringene for dyrevelferd og bærekraft i havbruk og husdyrhold. I dag måles sykdomsresistens i lakseavl i stor grad gjennom smitteforsøk der fisk blir infisert med vilje. Cellebaserte screener kan finne resistensgener raskere og redusere behovet for slike forsøk.
Gruppen vår bruker genknockouts og transkriptomikk for å undersøke hvordan lakseceller reagerer på virus som ILA-virus og IPN-virus, hvordan interferonsignalering former forsvaret mot virus, og hvordan griseceller samhandler med bakterietoksiner.
Relaterte publikasjoner 3
03
Metabolisme og genregulering hos atlantisk laks
Lakseoppdrett baserer seg i økende grad på plantebasert fôr, noe som endrer tilgangen på omega-3-fettsyrene som gjør laks til sunn mat. I doktorgraden og senere arbeid har jeg kombinert transkriptomikk, lipidomikk og regulatorisk genomikk for å forstå hvordan laksen regulerer fettmetabolismen gjennom ulike livsstadier og med ulikt fôr.
Dette arbeidet omfattet å utvikle et system for dyrking av levervevssnitt for å studere metabolisme utenfor fisken, kartlegge det regulatoriske landskapet i leveren gjennom smoltifisering, og koble genomiske prediksjoner av fettinnhold i filet til underliggende endringer i genreguleringen.
Relaterte publikasjoner 12
04
Mikrobiell genomikk og metabolsk design
Før jeg gikk over til akademia, arbeidet jeg fire år i industrien hos DSM Nutritional Products. Der studerte jeg hvordan mikroalger og sopp lager flerumettede fettsyrer som omega-3-fettsyren DHA og arakidonsyre, og utviklet strategier for å øke produksjonen.
Jeg viderefører dette arbeidet gjennom et samarbeid om å sekvensere og annotere det uvanlig store genomet til dinoflagellaten Crypthecodinium cohnii, som er en industrielt viktig produsent av DHA.